Обнаружил ошибку в выгрузке в модуле формирования YML.
Не учитывалась цена со скидкой, в результате цены в Яндекс отдавались без скидки.
Спасибо службе поддержки: поправили буквально "на лету", даже не смотря на то что сегодня суббота